Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Anreicherung und Charakterisierung von Transkriptionsfaktoren, den sogenannten KRAB-Domäne-enthaltenden Proteinen. Diese Proteine lokalisieren TRIM28 an die DNA, in Folge dessen es zur Ausbildung von Heterochromatin und damit zur Genrepression kommt. Proteinkomplexe aus Zellen, die die RBCC-Domäne des TRIM28 zusammen mit einem OneStrepTag als RBCC-Konstrukt exprimieren, wurden extrahiert und mit Hilfe der Streptactin-Affinitätschromatographie angereichert. Nach Auftrennung und massenspektrometrischer Untersuchung konnte die Aminosäuresequenz des endogenen TRIM28 zu 99,8 % abgedeckt und die Phosphorylierungsstellen am Serin 19 und am Serin 824 ermittelt werden. Außerdem konnten 29 KRAB-Domäne-enthaltende Proteine identifiziert werden, inklusive des POGK, eines Transposons mit KRAB-Domäne ohne Zinkfingerdomänen. Die N-terminale Acetylierung des POGK konnte als post-translationale Modifikation aufgeklärt werden. Im Zuge der Untersuchungen zur Phosphorylierung des TRIM28 wurde eine Methode zur Phosphopeptidanreicherung unter Einsatz von Zitronensäure anstatt 2,5-Dihydroxybenzoesäure (DHB) entwickelt. Eine neuartige MALDI-Matrixpräparation gewährleistet eine gleichmäßige Verteilung der Analyten auf dem MALDI-Target.
The present thesis deals with the enrichment and characterization of transcription factors, the so-called KRAB-domain containing proteins. These proteins localize TRIM28 to the DNA, followed by the formation of heterochromatin and hence repression of genes. Protein complexes from cells, expressing the RBCC-domain from TRIM28 together with a OneStrepTag, the RBCC-construct, were extracted and enriched using Streptactin affinity chromatography. After separation of proteins and mass spectrometric analyses the amino acid sequence of TRIM28 was covered to 99.8 %. Phosphorylations on Serin 19 and Serin 824 were determined. Twentynine KRAB-domain containing proteins, including POGK, a transposon with KRAB-domain but without zinc-finger domains were identified. The N-terminal acetylation of POGK was elucidated as a post-translational modification. In the course of analyses of TRIM28 phosphorylations a method for phosphopeptide enrichment with application of citric acid instead of 2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) was developed. A new preparation for MALDI-matrix ensures a homogenous distribution of analytes on the MALDI-target.