Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät

Institut für Biowissenschaften

Fachgebiet: Genetik

Betreuer: Prof. Dr. Renate Horn



Diplom-Biologe Mathias Ernst
(e-mail: mathias.ernst@uni-rostock.de )

Identifizierung von Kandidatengenvarianten der Eutergesundheit beim Milchrind

In der vorliegenden Arbeit wurde ein heuristischer bioinformatischer Ansatz zur Filterung der vielversprechendsten Kandidatengene für ein gegebenes Merkmal entwickelt und praktisch angewendet. Durch automatisierte hypothesenbasierte Auswertung der Annotationen von Referenzliteratur und Integration spezifischer Hochdurchsatz-Transkriptomdaten wurden innerhalb einer merkmalsbeeinflussenden genomischen Region des Milchrindes vier potentielle funktionelle Kandidatengene der Eutergesundheit priorisiert. DNA-Sequenzpolymorphismen (SNPs, insg. 16) dieser Gene wurden identifiziert; ihre Analyse gemäß eines dreistufigen Protokolles, einschließlich einer Assoziationsstudie, erbrachte Indizien für die Beteiligung von SNPs im Gen CD79A, bzw. mit diesen gekoppelte, an der Ausprägung differentieller Resistenz gegen Euterinfektionen beim Milchrind der Rasse Deutsche Holstein.

In the thesis a heuristic bioinformatics approach towards the filtering of the most promising candidate genes for a given trait was developed and practically applied. By means of a hypothesis-driven automated analysis of reference literature annotations, integrated with high-throughput transcriptomics results, four potentially functional candidate genes for udder health from within a broad genomic region influencing this very trait in dairy cattle were prioritized. Subsequent screening of those genes identified a total of 16 DNA sequence polymorphisms (SNPs); their comparative analysis according to a threestep protocol, including an association study, points towards the involvement of SNP within the gene CD79A, resp. ones linked to them, in development of resistance to udder infections in the German Holstein dairy cattle breed.